قام المسيحيون بشن حروب لإعادة إيبيريا لهم في قرطبة سنة 1236 وإشبيلية سنة 1248 نهاية بسقوط دولة بني الأحمر في غرناطة سنة 1492.
اتحدت مملكة ليون وقشتالة مع مملكة أراجون واستطاع الملك فرناندو والملكة إيزابيل استرجاع المدن الإيبيرية الواحدة تلو الأخرى إلى أن سقطت في أيديهم غرناطة آخر قواعد المسلمين سنة 1492.
سلم أبو عبد الله الصغير غرناطة بعد صلح عقده مع فرناندو بتاريخ 25 تشرين الثاني 1491 (21 محرم 897هجريا) يقتضي بتسليم غرناطة وخروج أبو عبد الله الصغير من الأندلس مع بقاء المسلمين وحفظ حقوقهم، ولكن سرعان ما نقض فرناندو العهد.
وبدأت محاكم التفتيش في التعذيب والقتل والنفي، وبدأت هنا معاناة أهل الأندلس من المسلمين ومن اليهود فقد كانت محاكم التفتيش تجبرهم على التنصير أو الموت وقد تمسك أهل الأندلس بالإسلام ورفضوا الاندماج مع المجتمع المسيحي.
وحسب الرواية القشتالية الرسمية، لم يُبد الأندلسيون رغبة في الاندماج في المجتمع المسيحي الكاثوليكي وبقوا في معزل عنه، يقومون بشعائرهم الإسلامية ويدافعون عنها بكل تفان.
وحتى لا يصطدموا بمحاكم التفتيش لجأوا إلى ممارسة التقية فأظهروا إيمانهم المسيحي وأخفوا الإسلام، فكانوا يتوضؤون، يصلون ويصومون… كل ذلك خفية عن أعين الوشاة والمحققين.
سنة 1601م، كتب المطران ربيرا، مهندس قرار الطرد، تقريرا عن الوضع قدمه إلى الملك، وقال فيه: "إن الدين الكاثوليكي هو دعامة المملكة الإسبانية، وإن المورسكيين لا يعترفون ولا يتقبلون البركة ولا الواجبات الدينية الأخيرة، ولا يأكلون لحم الخنزير، ولا يشربون النبيذ، ولا يعملون شيئا من الأمور التي يقوم بها النصارى…" ثم يضيف: "إننا لا نثق في ولائهم لأنهم مارقون، وإن هذا المروق العام لا يرجع إلى مسألة العقيدة، ولكنه يرجع إلى العزم الراسخ في أن يبقوا مسلمين، كما كان آباؤهم وأجدادهم.
ويعرف مفتشو العموم أن المورسكيين (بعد أن يحجزوا عامين أو ثلاثة وتشرح لهم العقيدة في كل مناسبة) فإنهم يخرجون دون أن يعرفوا كلمة منها، والخلاصة أنهم لا يعرفون العقيدة، لأنهم لا يريدون معرفتها، ولأنهم لا يريدون أن يعملوا شيئا يجعلهم يبدون نصارى".
وفي تقرير آخر يقول المطران نفسه: "إن المورسكيين كفرة متعنتون يستحقون القتل، وإن كل وسيلة للرفق بهم فشلت، وإن إسبانيا تتعرض من جراء وجودهم فيها إلى أخطار كثيرة وتتكبد في رقابتهم والسهر على حركاتهم وإخماد ثوراتهم كثيرا من الرجال والمال..".
وجاء في قرار الطرد الخاص بمسلمي بلنسية: " …قد علمت أنني على مدى سنوات طويلة حاولت تنصير مورسكيي هذه المملكة ومملكة قشتالة، كما علمت بقرارات العفو التي صدرت لصالحهم والإجراءات التي اتخذت لتعليمهم ديننا المقدس، وقلة الفائدة الناتجة من كل ذلك، فقد لاحظنا أنه لم يتنصر أحد، بل زاد عنادهم.